台灣港務公司花蓮分公司為促成海洋資源博物館選址花蓮港興建計畫，突破花蓮國際商港轉型兼具觀光遊憩發展的土地使用限制，與花蓮縣政府、海委會及交通部航港局合作辦理都市計畫迅行變更，範圍總計24.98公頃。展望未來，當地將在都市計畫變更完成、海洋資源博物館實質建設展開下，轉型朝專區化發展，創造花蓮遊憩新亮點。
台灣港務公司說明，此案都市計畫變更24.98公頃中，港區觀光遊憩發展區位分別變更為「港埠事業遊憩服務專用區」(8.84公頃)與「港埠事業旅遊服務專用區」(5.2公頃)，海洋資源博物館預定地(7.14公頃)，則參照國內有關案例編定為「機關用地(供海洋資源博物館使用)」。
全案依都市計畫法辦理，11月初獲航港局土地使用同意書後，港務公司已於11日變更都市計畫書圖，函報花蓮縣政府辦理公開展覽，預計明年經花蓮縣都市計畫委員會審議通過後核轉內政部都市計畫委員會，若順利經內政部都市計畫委員會審議通過發布後，將實質帶動花蓮港各項觀光產業招商契機，港務公司也將積極配合招商進度，啟動內港倉庫群優化整建。
此外，花蓮港這次都市計畫變更納入發展觀光遊憩項目，也依行政院核定台灣國際商港未來發展及建設計畫發展定位每五年滾動檢討的機會，將全港區土地分別劃設為「奇萊鼻海岸景觀區」、「綠循環經濟專區」、「物流園區」、「港DONG洄瀾園區」、「＃13~＃16碼頭水陸遊憩觀光廊帶」、「＃1~＃4碼頭親水遊憩區」與「砂石專區」等主題發展專區，持續投入相關基礎建設，期望透過明確的區塊發展定位產生群聚效應的誘因積極招商，為花蓮地區創造遊憩新亮點並提昇港埠營收。
台灣港務公司展望未來10年，花蓮港將在「變更都市計畫完成」與「海洋資源博物館實質建設展開」2大利多下，吸引廠商投資進駐，提升花蓮國際商港土地使用成效，並將透過港務公司邀請海洋委員會、交通部航港局、花蓮區漁會、台灣肥料股份有限公司等相關單位成立「花蓮商港與漁業專業區周邊共榮發展合作平台」，加強橫向溝通聯繫，持續就交通、觀光、海洋資源產業等合作發展議題交換意見，共創共榮發展新局。