非中華民國境內居住之個人（非居住者）交易房地合一稅適用範圍的土地和房屋，適用稅率有兩種，財政部台北國稅局表示，其中持有期間兩年以內的稅率為45％，超過兩年者的稅率則是35％。
依所得稅法第7條規定，中華民國境內居住個人（居住者）的認定，是以在我國境內有無住所及居住天數為標準。如果是居住者，持有期兩年以內課稅45％、超過兩年未逾五年課稅35％、超過五年未逾十年課稅20％、超過十年課稅15％。
台北國稅局說明，如果符合兩條件之一，即屬於居住者，一是在中華民國境內有住所，並經常居住中華民國境內者；二是在中華民國境內無住所，而於一課稅年度內在中華民國境內居留合計滿183天者。由於居住者和非居住者依持有房地期間不同，稅率差很大，民眾宜注意。
舉例說明，納稅義務人甲君於2016年間買賣取得A房地，嗣於2022年間將該房地出售，甲君自行申報個人房屋土地交易所得稅課稅所得1,500萬元，並依持有A房地期間超過五年未逾十年，按居住者適用稅率20％計算，繳納稅款300萬元（1,500萬元x20％）。
但經國稅局查得甲君於交易年度（2022年）在我國境內並無戶籍，亦未在我國境內居留合計滿183天，核屬非居住者，因此按適用稅率35％重新核算應納稅額為525萬元（1,500萬元x35％），並向甲君補徵稅款225萬元（525萬元－300萬元）。
台北國稅局提醒，個人出售屬房地合一稅制課稅範圍的房屋、土地，應於完成所有權移轉登記日的次日起算30日內，依其為居住者或非居住者身分，據以按適用稅率申報繳納房地合一稅，以免遭補稅。