根據中央流行疫情指揮中心統計，國內這波本土疫情共累計20例兒童重症個案，其中出現腦炎者就有9人。專家分析腦炎出現的原因，認為染疫後免疫系統引起的「細胞激素風暴」可能是最重要的機制，提醒家長若發現兒童有發燒超過41度、不吃東西也嘔吐、突然抽搐的情況都要特別小心。
台灣兒童感染症醫學會理事長邱南昌指出，目前國內累計的重症、死亡個案，好幾例都神經學有關係。新冠病毒感染引起的腦部病變有幾個機轉，其中針對「直接侵犯」一說，要靠解剖才能證實，最重要的機制可能是免疫系統反應引起的「細胞激素風暴」，這種情況下，可能傷及包括神經系統在內的器官組織。
為得知腦部有沒有病毒感染，邱南昌表示，醫師會以分子生物學的方式去找病毒，然而至今都找不到，這和1998年的腸病毒71型情況類似。最近有研究指出，雖然用這個方式找不到病毒，但是會找到包膜的抗原，這個抗原不存於疫苗上，表示神經病變的人，很可能是因為免疫系統過度反應所引起。
除了前述機轉，邱南昌表示，病毒也可能會傷及血管內皮細胞，導致一些東西從血液滲透，形成腦水腫。另外，感染引起的全身性反應也會讓其他器官組織受傷，例如呼吸困難可能導致腦部缺氧，肝腎功能受影響，無法處理的代謝產物也會導致腦部受傷。一些感染者本身就有代謝的問題，感染後，岌岌可危的代謝就「出包」了。目前國內的兒童腦炎個案，機制有多樣性，有些甚至不只有單一的機制。
邱南昌表示，最重要的是提醒家長，兒童腦炎的重症前驅症狀包括體溫大於41度、持續昏睡、持續嘔吐、意識不佳、愁緒頭痛、肌躍型抽搐、抽搐、步態不穩。其中，感染後的發燒很常見，約有6成的機率會發燒，但是我們的腦部有體溫調整中暑，通常體溫很少超過41度，若超過就代表中樞出問題，但不是沒到41度就不用小心，發燒久、體溫高都要小心。
另外，邱南昌說，腦部受傷後，意識會變差，導致兒童持續昏睡，大一點的孩子可能可能會有持續性頭痛，小小孩則難以表達。如果孩子發燒會想睡，但退燒後可以玩來玩去，家長就不用過分緊張。
此外，持續嘔吐和腦壓上升、腦子腫脹有關，因此這些兒童即便不吃也會嘔吐，這和腸胃症狀引起的嘔吐不一樣。而肌躍型抽搐在腸病毒71型就有發現，因腦幹上端受刺激，有些人入睡前腳步會大抖一下，邱南昌表示，如果只是1、2下不必緊張，持續出現就要小心。
邱南昌表示，6個月到5歲之間的兒童可能會出現熱痙攣，大一點的小孩也可能會發生，在急速發燒之下，可能出現抽搐，若是簡單型，多數1、2分鐘就會過去，預後也會較佳，但若抽搐較久，超過15分鐘、意識沒有恢復又發作、左右不對稱，都要特別注意。簡單來說，只要感染後出現抽搐，就必須交給醫師判斷。
他也提醒醫護人員，面對這類兒童，處理上要趕快注意有無顱內壓上升，給予降腦壓、腦水腫的藥。若有發炎現象，也要趕快控制住，判斷是否盡快提供新冠抗病毒藥物、類固醇、免疫球蛋白等，這些細節都已寫在指引上。