各地才依中央指示完成兒童莫德納疫苗規畫，就傳出BNT即將到貨，恐影響家長意願，打亂各地接種計畫。台北市副市長蔡炳坤除痛批「將帥無能，累死三軍」，29日再轟中央，不是有什麼疫苗就打什麼疫苗，疫苗規畫要用心去做，台北市長柯文哲直言，「實在是三條線」；台中市長盧秀燕與嘉義市長黃敏惠皆反映家長對這種情況非常糾結與焦慮。
台北市將在5月5日施打兒童莫德納疫苗，蔡炳坤說，有些孩子打針會比較緊張，家長可向學校提出申請，陪同子女施打疫苗，以1位家長為限，且家長須打滿3劑疫苗。
中央臨時宣布，BNT兒童疫苗將在5月中旬來台，蔡炳坤說，多一種選擇是很好，但會衝擊到家長接種莫德納的意願，中央應該在作業上要好好規畫，而不是BNT來又要做一次。新北市長侯友宜說，疫苗進來時間點不一樣，他尊重家長選擇，給孩子打的疫苗一定要選最好的，中央有更好疫苗，就要快速進來。
桃園市規畫5月2日至6月17日入校為學童施打疫苗。目前195所國小的疫苗接種意願調查，有177所完成調查，家長同意率僅48％。據了解，多數家長還在觀望中，也有部分家長聽說5月BNT會到，還在等待。
台中市暫定5月11日為兒童接種莫德納，若想打BNT就要等下一批，盧秀燕向中央喊話，要給家長選擇疫苗的機會；黃敏惠也表示，市府發出施打意願同意書給家長7天思考期，希望家長與家庭醫師商量評估孩子的狀況再決定。
基隆市長林右昌表示，要讓小朋友打什麼疫苗，都尊重家長選擇，比較急可選擇莫德納，不急就可稍微等待。宜蘭縣和花蓮縣政府都呼籲家長，愈快打疫苗，愈能降低風險，能打就盡快打，如果非BNT不可，只能等第二波了。
面對各界的質疑，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中說，「如果拖了2個月才跟大家說，那才是有問題」，且任何一個疫苗都有調查意願的程序，醫院裡也是一樣，每個人都要簽同意書，在學校裡面統一調查，效率會比較高。他也藉機向地方喊話，「我們共同的敵人是病毒，不要互相責怪，折損了和病毒的戰力，對疫情控制是不利的。」
至於輝瑞BNT兒童疫苗何時開打？陳時中估算「不希望到6月」，疫情發展的時候越早打越好，但他也強調「這是自由選擇」，如果家長在這一波調查完畢後改變心意，就跟學校老師講、把同意書收回去，下一波調查BNT時再簽同意書。
（中國時報／游念育、廖素慧、王家瑜）