大陸國台辦17日晚間發布新聞稿，發言人朱鳳蓮表示，14日發生的台灣方面粗暴驅離大陸漁船致兩名漁民遇難惡性事件，引起大陸各界強烈憤慨，嚴重傷害兩岸同胞感情。她更強調，兩岸同屬一個中國，台灣是中國領土不可分割的一部分。兩岸漁民自古以來在廈金海域傳統漁場作業，根本不存在所謂「禁止、限制水域」一說。
金門縣政府表示，有關類似水域的秩序維持應有賴兩岸有關當局共商討論，盼能以兩岸漁民生計為前提營造共好的發展環境。金門區漁會理事長陳水義表示，陸方一直以來根本不承認有什麼「禁、限制水域」的界線，單方面認為金門地區也是屬於大陸的區域，且雙方漁區重疊，何來「越界」之說。
朱鳳蓮表示，大陸方面對台灣同胞充滿善意，但對台方無視大陸漁民生命財產安全的行徑也決不容忍。台灣方面應盡快放船放人，做好善後工作，查明事實真相並嚴肅處置相關責任人，給遇難人員家屬和兩岸同胞一個交代，並指出大陸方面保留採取進一步措施的權利，一切後果由台方承擔。
2月14日大陸漁民駕駛快艇在金門海域越界捕魚，被我方海巡追緝時，船身翻覆導致4人中有2人不幸意外喪生。金門海巡隊日前指出，海巡署管轄的海域有「限制水域」和「禁止水域」，越界捕魚的陸籍船舶已穿越限制水域，並進到禁止水域內的0.86浬，依法執行驅離。
國台辦發出聲明後，不少金門當地漁民說，金廈海域間「禁、限制水域」這條隱形的線，跟台海中線一樣，雙方都很有默契的遵守，陸方的公務船隻都不會輕易跨越，陸方之後如連海警船也頻繁越界，將造成兩岸緊張。
此外，金門地檢署檢察官16日晚間會同榮譽法醫師相驗2名溺斃漁工屍體並訊問證人後結果出爐，主任檢察官施家榮指出，該案2名死者屍體外觀上並無致命傷，依檢察官及法醫相驗屍體及訊問所得，初步認定2名死者是因翻船事故致溺水死亡，但案發過程仍待持續釐清，並將詢問死者家屬有無意見。
國民黨立委羅智強則建議，現在兩岸之間相互不信任，溝通斷絕，因此政府可以委託紅十字會等民間團體，協助兩岸之間溝通。因民間單位有一定彈性，可以避免兩岸間剛硬的處置方式。（相關新聞刊A2）(中國時報/吳泓勳、于家麒、李奇叡)