陸船翻覆事件從單純的海巡執法取締，演變成兩岸政治對立，大陸執法船頻頻進入我禁限制海域，國防部長邱國正多次表達憂心擦槍走火的疑慮，金門地檢署雖第一時間即介入偵辦，但調查逾20天，海巡署公布行政調查結果卻加深外界質疑，在沒錄影沒真相情況下，兩岸缺乏共識以致協商破局，行政院長陳建仁已表示，檢察官依證據偵查辦理後才能知道真相，該道歉就道歉，該賠償就賠償。要降低兩岸惡意螺旋，關鍵就在何時偵結。
沒真相沒共識 協商破局
金門地檢署因金門鄰近大陸的特殊地理環境，具有維護國土安全的重要任務，法務部選派擔任的檢察長、主任檢察官，都是檢察界一時之選，尤其現任金門地檢署檢察長周士榆，曾任高檢署查黑中心及最高檢特偵組，以偵辦貪瀆重大案件見長，查辦過李登輝、陳水扁、馬英九和蔡英文，馬英九更3度遭周士榆起訴，因而被稱為「總統級殺手」。
周士榆也曾任金門地檢署主任檢察官，在金門服務3年期間，偵辦假冒金酒陳高案、陸船越界盜採砂石案、走私毒品案等，對兩岸治安維護工作相當熟稔，而現任檢察總長邢泰釗當時任金門高分檢檢察長，兩人後來又在台北地檢署共事，辦案默契十足。
此次金門大陸漁船翻覆事件牽涉兩岸關係，並涉及2條人命，更受到國際關注，但金門地檢署除在遭到外界質疑延遲相驗及媒體報導朝過失致死罪偵辦時，曾發新聞稿澄清之外，就僅一再強調會盡速偵辦，卻未對外說明相關進度及待查事證，如此保守態度遭到猜疑是否受到「上級」指示，並被舉發「怠忽職守」。
《偵查不公開作業辦法》第8條規定，案件在偵查中，經審酌公共利益之維護或合法權益之保護，認有必要時，偵查機關或偵查輔助機關得適度公開或揭露偵查程序或偵查內容，陸船翻覆事件即屬國家安全矚目案件，檢方本就可適度公開說明，卻捨此不為，一再以「偵查不公開」推拖，實難令人信服。
不僅如此，台中「5億高中生命案」鬧得沸沸揚揚，同性配偶夏男、夏父殺人罪獲不起訴，檢察總長邢泰釗都指示台中高分檢詳查，金門漁船事件鬧得全台不安，連美國國務院都呼籲要克制，基於「檢察一體」原則，檢察總長有指揮監督權，但邢泰釗迄今未對此案有任何說明或指示，倘若金門地檢署在偵辦過程有遇到人力、物力，甚至鑑識判讀的難題，相關檢察體系就應給予支持，加速偵辦進度，以發揮打擊犯罪效率，除非另有盤算。
檢方態度保守 啟人疑竇
事實上，金門漁船事件發生後，蔡政府第一時間就已定調這是「三無船」越界捕魚海巡署執法案件，堅持司法調查，陸委會主委邱太三也說海巡和對岸都有保持連繫，也即時讓對岸了解相關的情形，但隨著海巡的潘朵拉盒子陸續被打開，卻發現公布的過程及執法程序出現不少漏洞和錯誤，更因為海委會主委管碧玲及民進黨將此案扭曲成認知作戰，模糊了事件真相。
金門事件也讓兩岸危機如溫水煮青蛙，在這20天之中，大陸宣告金廈沒有禁限制海域，而兩岸歷經15次協商，期間綠營傳出陸方要求海巡人員到大陸接受訊問，海巡署副署長許靜芝證實，陸方曾提過這樣的說明，經過幾次溝通，已經逐步化解，但隨即遭陸方否認。
司法管轄權牽涉國家主權敏感問題，從陸方在事件後多次公開表態，並沒有看出有對此過度主張，也未刻意拉高衝突，說穿了就是不願擴大衝突，而是等待我方盡速公開事件真相。然而，不斷展延來台簽證，卻始終得不到答案，反而看到海巡署說法一變再變，陸方代表當然會認為台灣歪曲事實、謊話連篇、沒有誠意解決，甚至怒嗆「由此造成的後果由民進黨當局負責」；死者家屬也認為台灣沒人願意承擔，「連基本的道歉都沒有」，加深誤會。
面對兩岸協商破局，管碧玲說，若能早日釐清真相，雙方的共識才有共同基礎，並表示陸方希望要有「真相、賠償、道歉」。換言之，能夠再度打開兩岸協商大門的鑰匙就在金門地檢署檢察官手上，盡速對外公開偵查結果，讓外界公開檢視，才能化解兩岸衝突，否則對任何一方而言，遲來的正義已不是正義，兩岸因此陷入兵凶戰危，也絕非兩岸人民所樂見。(中國時報)