準總統賴清德壓軸宣布國安團隊名單，邱垂正將出任陸委會主委。邱垂正接受《中國時報》專訪，呼籲大陸「兩個正視」：正視中華民國是一個主權國家的客觀事實、正視台灣人民對於民主價值與生活方式的堅持。他希望大陸可以看看台灣民主的經驗，不必完全否定台灣，並尊重我們的生活制度。
曾在金門大學執教多年的邱垂正，對於戰爭和平感觸尤深，他認為金門經歷過殘酷戰爭，特別渴望和平，是適合兩岸進行交換意見的好地方，也應是和平研究的重鎮；他認為，和平絕對不是建立在對岸的善意，而是要備戰。
邱垂正指出，和平不是消極的不打仗，如何積極創造和平的環境很重要，他認為積極和平具有三條件。一是經貿互賴，2023年兩岸全年貿易額近2700億美元，當經貿關係「你中有我，我中有你」，摧毀這種互賴關係就會付出龐大代價。二是制度整合，兩岸在WTO、APEC等國際組織共同存在，同時雙方迄今簽署生效26項協議，若遵守之，也能創造兩岸和平，因制度化的往來能增加預測性、降低交往成本。
三是價值共享，邱垂正認為，若兩岸的核心價值共享越多，越容易朝「善意和解，積極合作，永久和平」的方向前進。在他看來，目前價值觀是兩岸最大差異，處於價值對抗、價值障礙，價值共享太少；台灣著重自由民主人權法治，大陸則偏向民族主義。
由於兩岸價值分歧，邱垂正不諱言，各方面交流更顯重要，相互理解就是價值共享。透過交流才能夠價值共享，價值共享多一點，經貿合作、制度整合才會持續往上，彼此環環相扣。
邱垂正指出，台灣有三大無可取代的戰略重要性。一是地緣政治，台灣要凸顯自身地緣位置的重要性，並被國際社會認可。二是科技實力，全球生產供應鏈正在重組，台灣半導體晶片佔有關鍵的一席之地，應成為民主國家陣營中可信賴又重要的科技鏈。三是民主鏈，台灣是成熟的民主國家，要扮演民主陣營無可取代的重要角色；同時，台灣的民主經驗與成就也可以穿透邊界，植入大陸民眾人心。
賴清德在兩岸延續蔡英文的「維持現狀」，對於何謂「維持現狀」？邱垂正認為是維持和平穩定，以及維持台灣自由民主人權法治等核心價值不變。他說，兩岸一大一小，大陸欲改變現狀，台灣作為小的一方，只能結合國際社會的支持。但他也強調，維護台海和平穩定的現狀，這是兩岸共同的責任。
日前在北京的馬習二會上，中共總書記習近平大談中華民族、炎黃子孫。邱垂正表示，他尊重每個人的認同選擇，「從血統、地理、文化而言，我們祖先來自於對岸，我們是華人、漢人沒有問題」，但他也說，「我在這塊土地土生土長，當然會優先認同台灣」，他認為，若把民族框成一種政治認同，這就太沉重了。(中國時報/陳冠宇、陳君碩)