蔡英文總統可能在卸任前特赦犯貪污罪的前總統陳水扁，引發爭議，立法院司法及法制委員會15日請司法院、法務部專題報告，但法務部長蔡清祥昨天晚間9點多，向召委吳宗憲表明人在花蓮，要請假。立委黃國昌質疑「他在花蓮有什麼重要的公務？」，次長黃謀信則說是「慰勞震災檢警」與感謝更生人保護協會，黃批誰都知熟輕熟重，明天總辭，蔡是「選擇不出席」。
黃國昌說，立院的會議早就排定，法務部長沒把召委當一回事，卻毅然決然跑去南部、東部「畢業旅行」，看準召委拿他沒皮條，蔡清祥還在部長的位子，立院司法及法制委員會的專題報告竟不當一回事，這樣的表現令人失望，「當一個法務部長可以這樣嗎？」
立委翁曉玲認為蔡清祥面對如此重要的議題竟臨時「請假」，相當不可取，歷史也會留下紀錄。
黃謀信改口蔡「陸陸續續一直請假」，直到昨晚才獲召委同意，黃國昌怒斥「召委一直不同意，他還一直請假，擺明就是沒有要來嘛！」。召委吳宗憲表示，當他知道蔡已經人在花蓮，但他又不能讓今天會議開不成，因此才勉強同意他請假，他不希望這種事未來再發生。
對於是否赦免前總統，吳宗憲表示人民有很多疑問、社會也反彈，議題重大。司法院祕書長吳三龍表示，沒收為獨立於刑罰及保安處分以外的法律效果，以徹底剝奪犯罪所得。
吳三龍引憲法法庭判決指出，沒收新制的立法目的是要回復合法財產秩序，並非剝奪不法行為前犯罪者的固有財產，不具刑罰本質。依照憲法法庭判決，犯罪所得是基於違法行為，無論違法行為是否終止、何時終止，或不論行為人是否構成犯罪，自不法利得所得產生之時起，不法財產秩序已形成，剝奪未違反法律不溯及既往原則。
赦免法第5條之1前段規定「因有罪判決確定所生之既成效果，不因大赦、特赦、減刑或復權而受影響。」，司法院認為總統特赦後，未沒收的不法所得，事涉個案執行檢察官職權，司法院予以尊重。
目前陳水扁仍有二次金改國泰併世華案等4案停審，分別繫屬台灣高等法院、台北地方法院，是否停審或繼續審判，司法院表示這屬審判核心事項，基於審判獨立，由個案承審法官本於權責判斷。