金廈海域事件引發兩岸緊張，陸方更片面宣稱金廈海域不存在禁限制水域，國民黨立委近期提出，對《兩岸條例》第29條的修正草案，主張將禁限制水域公告機關由國防部改為海委會，26日舉行公聽會。陸委會副主委梁文傑認為，實質意義上差別不大；但學者均予以認可，認為其可讓法律效益更明確。
立委陳永康提的修法方向，主要內容為台灣地區限制或禁止水域公告，由現行國防部改為海委會；台北飛航情報區限制區域，則維持由國防部公告。至於金門、東碇、烏坵、馬祖、亮島、東引地區周邊水域的司法行政事項與大陸地區協議，由陸委會會同海委會，委託海基會代表中華民國政府，與大陸海協會協商簽署協議。
陳永康辦公室說明，《台灣地區與大陸地區人民關係條例》的立法宗旨，本就在於淡化或暫時擱置「主權」爭議，並置重點於「有效管理以保障兩岸人民合法權益」。參照其他兩岸事務的處理模式，與陸方透過協商，畫定出雙方承認的我國司法行政有效實施水域，及其他司法行政相關事項，並將此區域的公告，由執法單位海委會擔任，取代國防部公告，可更加確定其司法行政屬性。
梁文傑表示，與對方協商我方實質管轄範圍，並使其承認，從政府立場來看不太適當。海委會海域安全處長黃宣凱也說，1992年國防部公告禁限制水域，是顧及國安、國防。若如今要變更公告機關，涉及到國安問題，不是海委會權責。
民進黨副祕書長何博文及國際部主任李問等人25日在馬祖，呼應賴清德拋出的「由兩岸執政黨負責任的展開良性對話」論述，何指出，台灣愛好和平，兩岸可以對等尊重、善意互動、共榮生存，毋需劍拔弩張；李問在臉書上表示，北竿播音站與對岸距離只有12公里。馬祖在兩岸關係上有特殊的地緣關係，希望兩岸關係和平發展，不輕易破壞和平現狀，並增進人民共同福祉。
此外，位於北竿西北方的高登島是全馬祖距離大陸最近的島嶼，目前仍屬軍事管制區，25日下午有漁民發現大陸漁民駕艇靠岸，登上高登島外礁，海巡人員獲報後駕船攔截，約20多分鐘後逮捕1人帶回南竿偵訊，釐清漁民身分與登島目的。(旺報/李奇叡、曾薏蘋、高鈞麟)