小三通25日起開放客運中轉，9時首航由廈門五通與金門水頭碼頭同時對開，入境133人、出境114人，人潮雖未如預期，但睽違3年能再經此便捷通道往來兩地，台商都非常開心表示：「早該通了，旅費都省了一半！」
金門縣政府表示，因應陸委會宣布自25日起開放小三通客運中轉政策，港務處日前已邀集移民署等CIQS（海關、證照查驗、檢疫、安全檢查）機關及小三通航商召開整備會議，針對旅運人數增加後的通關查驗流程、出入境動線、旅客上下船以及防疫清潔等項目逐一討論並提出優化方案，以提供給旅客最優質的服務。
欲搭船赴廈門的高雄蔡姓台商表示，小三通早就該全面開放了，對所有台商而言真的方便太多了，但還是得視目的地而定，昨剛好要到廈門才會走小三通，如果是到上海或其他城市，會選擇直飛，畢竟時間才是金錢。
從廈門搭船返回金門的林姓台商則說，小三通跟直航相比費用省了一大半，以後可以常回台灣看家人；同船的孫姓台商也說，希望兩岸能多開放，雙方來來往往更方便，讓金門與台灣的經濟都能活絡起來。
港務處科長楊連芳表示，經統計小三通國人中轉首發日航班訂位情況並不多，每航次僅數十人登記訂位，但過往小三通旅客的搭船比率國人約占6成、陸客占4成，尚未開放陸客入境仍是主要因素，不過首日航班的搭乘人次都有上百人，搭乘人數已比平日增加不少，相信日後搭船人流會愈來愈多。
縣府指出，自3月25日起金廈航線由每日1個往返航班調增至每日6個往返航班，4月起泉金航線由每周2個往返航班調增至每周3個往返航班。