賴清德總統宣布成立3大委員會並親任召集人，外界質疑聲不斷。馬英九基金會執行長蕭旭岑20日批評是「大總統制」，行政院長真的變成小弟、執行長；國民黨立委葉元之也質疑卓榮泰決策可超過總統嗎？卓答覆強調，除國防、外交、兩岸外，做最終決策的人當然是行政院長；總統府則說，委員會是要讓「屋子」的基礎更穩固。
葉元之昨在立法院院會質詢卓揆，政院提覆議理由包含「混淆雙首長制」，但實際上總統才是最高行政首長，質疑卓的決策可以超過總統嗎？卓說，做最終決策的人當然是行政院長。葉再問：「所以你比總統大？」如果總統叫你往A，敢跟總統說B嗎？卓表示，會說明理由，據理爭取，行政院該決定的事項就在行政院決定。
蕭旭岑昨也指出，過去幾任總統在府也有成立委員會，但都是諮詢性質，內容提行政院參考，賴清德是第一個總統兼召集人，把3個委員會設在總統府下，且是有實際政策權力的委員會。
蕭旭岑強調，總統等於是把這3個重大政策抓在手裡，「實質總統制、實質台獨就是他的務實作風，只要他敢，而且以總統與民進黨主席身分結合在一起發號施令，未來4年不會有所謂的朝野和解」，賴清德雖然只有40％，但是「大總統制」。
中山大學政研所榮譽退休教授廖達琪認為，過往總統都會成立委員會，於法沒有不合，但實際運作上，讓原本半總統制偏向總統制，從好的方面來講，總統可以推動想做的，包含選前的政治承諾，但行政院長會被認為是幕僚長，可說賴的作為比過去總統更激進。
廖說，若委員會後續行使是強制行政機關執行，就有所謂權責關係不對稱問題，等於叫卓榮泰代打，但推動出現不好的後果，誰應該被苛責？
對於外界批疊床架屋，府副祕書長張惇涵則表示，確實是要「架屋」，但不是用疊床的方式，而是用協力的方式，讓這屋子的基礎更穩固，就是3個委員會要做的事。（中國時報／楊亞璇 、 陳薏云 、 崔慈悌）