行政院5月3日函告台北、新北有關原住民就業自治條例部分條文無效，不過2002年制定相關自治條例的基隆市並未遇到此情形，雙北市府已分別在5月30日、6月3日提起訴願，新北市原民局也表示，若訴願駁回將設法再行政救濟。行政院原民會回應，地方政府提出訴願將循程序進行。
新北市議員馬見20日炮轟中央，被函告無效的條文是攸關保障原住民族就業的核心條文，但中央巧立各種理由宣布無效，包括第4條第3項「未達進用比例之各機關，應按月繳納差額補助費」、第5條「工程金額500萬以上得標廠商應以一定比例以上工資雇用原住民，未達標準需繳納代金」、第6條「機關人事異動等待遞補期間免繳代金」、第10條「差額補助費及代金應成立原住民就業基金」等。
行政院認為，條文繳納代金專款專用於辦理促進原住民就業權益相關事項，應由中央主管機關集中辦理，另強制得標廠商分包違反政府採購法的廠商自主決定權。外界質疑「中央可收代金，地方為何不能收？是搶錢嗎？」馬見認為，搶錢沒關係，重點是規範不明確，而且收到代金代表沒有做到對原住民的協助！
侯友宜表示，市府已委任律師於5月30日向行政院提起訴願，法制局也會配合原民局積極協助相關的救濟事宜。原民局則說，如訴願駁回將設法再行政救濟。
原民局長林瑋茜說，自2020年起依自治條例第4條、第5條規定查核所屬機關學校及工程採購契約總價在500萬以上之得標廠商，迄今收取626萬餘元的代金與差額補助金，用於協助原住民創業就業基金，因條文宣告無效，基金喪失主要財源故將辦理裁撤，明年起會於本預算編列相關費用，以確保族人權益。
北市原民會亦表示，1999年制定「台北市促進原住民就業自治條例」，不過其中第4條第2項、第5條第1項、第6條第4項後段、第7條及第8條等規定，亦遭函告無效，市府已在6月3日函送行政院訴願書；而比行政院2015年制定的《原住民族工作權保障法》早了10餘年的「基隆市促進原住民就業自治條例」，並未被宣告無效。
基隆市府發言人呂謦煒表示，自治條例部分內容與現行中央法令雖有若干扞格之處，但因可以對原住民保障更為周延，市府對於是否修正仍在研議中。
行政院原民會社會福利處就業服務科科長李珮瑄說，目前在政府部門及參與採購單位義務進用、代金繳納等，在相關法令已有規範；至於地方政府提出訴願會原民會將循程序進行。（中國時報／陳慰慈 、 丁上程 、 林良齊）