兩岸在1989年簽下中文名稱協議書後交流頻繁，我國籍國際奧會委員吳經國受訪指出，我國會籍曾多次面臨危機，險些被取消承認，兩岸體育交流要加強外，對我國在國際奧會的會籍維護也必須謹慎。從1980年代前就為我國各項運動協會會籍多方奔走，並在1988年當選國際奧會委員的吳經國，回顧兩岸體育交流這30年，表示有多次事件，都讓我國會籍出現危機，幸好後來還是忍辱負重維持。
當初兩岸協商我國代表團的中文名稱時，吳經國說，已故的國際奧會主席薩瑪蘭奇當時希望兩岸就我國的中文名稱協商，希望促成台灣和大陸的體育團隊能夠到彼此的地方參加正式比賽，首先就是1990年北京亞運會台灣的代表團一定要參加。
一字之差的爭議
因此薩瑪蘭奇在1988年12月曾找國際奧會榮譽委員徐亨、吳經國與時任中國籍國際奧會委員何振梁，與香港奧會主席沙利斯（葡萄牙裔香港籍，精通中英葡語），在奧地利維也納就中文名稱如何翻譯首次會談。每個人向薩瑪蘭奇解說後，我方強調「中華台北」，何振梁就大陸立場強調「中國台北」，但薩瑪蘭奇表示聽得一頭霧水，無法理解中國字一字之差的差別。薩希望兩岸繼續協商出結果後告訴他。
1989年敲定「中華台北」
雙方堅持己見，決定各自向決策當局請示後再談判。吳經國說，中華奧會在1989年3月決定授權由副主席兼祕書長李慶華繼續與何振梁協商，最終在4月6日雙方簽下中文名稱協議書，敲定「中華台北」。
吳經國表示，當中華青年體操代表隊1989年4月首次到大陸比賽，薩瑪蘭奇指定吳經國代表國際奧會出席，他在4月19日從香港首次到訪北京，受到大陸熱烈歡迎。兩岸破冰之旅非常成功，從此展開兩岸體育交流之路。
另外，吳經國說有幾次事件值得一提。1990年中華奧會提出台北市申辦1998亞運會，大陸在北京召開亞奧理事會中反對，結果我國敗給泰國曼谷，未能獲得承辦權，中華奧會主席張豐緒相當氣憤，說「共產黨翻臉像翻書一樣」。讓原已稍趨緩和的兩岸關係再陷低潮。
亞奧會前主席阿罕默德親王邀李登輝前總統在1994出席廣島亞運，引起軒然大波，當時大陸方面放話如果李要去廣島，大陸代表團將退出廣島亞運會。薩瑪蘭奇得知後也表示不宜，請吳經國向總統府方面表達立場，後來由總統府宣布為了亞洲體育的和諧，李登輝決定不出席的聲明。
1995年底高雄申辦2002亞運又失敗，吳經國說，當時張豐緒在記者會中指責薩瑪蘭奇介入選舉，薩差點把我國開除，寫信來嚴厲警告，請張道歉，教育部長郭為藩託吳經國飛一趟瑞士解釋。薩表示，台灣能在國際體壇參與的權利，沒有充分尊重與珍惜。
兩岸交流尋求共識
1996年奧運會陳靜與鄧亞萍桌球女單兩岸決賽對決，台灣留學生因拿國旗被抬走，加上教育部長吳京的GV卡（最高層級貴賓卡）被美國國務院要求降級為Gt卡。1997年釜山東亞運受中共壓力，將GV卡收回改發Gt卡，開幕當天代表團在司令台時停下並把旗杆插在地上，停止不動以示抗議。（記者林永富）