依照一般民間習俗，往生者在出殯前，多會將遺體安置於醫院太平間，並設置簡單靈堂豎立牌位拜飯。因時代改變，政府為貫徹「醫殯分流」理念，將原先醫院得設置簡易靈堂的習俗，改為「醫院設置之太平間僅得處理屍體冷藏事宜」，亦即醫院內不得再設簡易靈堂，此法規將大幅衝擊現有的民間習俗，使醫院內的牌位設置與拜飯，皆變成違法。
有違民眾傳統觀念
以台北市為例，將直接衝擊平均每月270戶的喪家設置簡易靈堂的民間習俗，亦有違一般民眾「遺體在哪裡，牌位就在哪裡」的觀念。出殯前的遺體與牌位將流入非法的殯葬服務業商家，台灣仁本抨擊政府尚未做好相關配套，將出現「法外靈堂區，非法拜飯」的情況。
不應妨礙助念往生
在台灣，佛道教為主要的民間信仰，尤其是淨土宗的佛教徒，常有往生後助念8小時的習俗，在助念期間盡量不搬動干擾遺體，因應民俗需要，大部分醫院均設有「助念室」，基督教也有設立「慰靈室」，這種設施已經廣泛存在於國內公私立醫院；讓在醫院中往生的病人家屬，剛剛面臨喪親之痛時，有一個慰藉、沉澱心靈的場所及時段，讓亡者無怨，生者無憾。因此台灣仁本呼籲，切勿因醫殯分流妨礙助念往生。
台北市衛生局於醫殯分流實施後，針對北市醫院調查撤除殮、殯、奠、祭設施可能衍生的困境，結果顯示，有33.3%的醫院表示民眾會因未事先規畫導致恐慌與無所適從，27.8%的醫院則表示有民眾抱怨醫院服務不便民。（林瑞益）