台灣獨派人士總愛大談台灣與南島語系民族的系出同門，作為台灣與中華文化圈毫不相關的明證。事實上，除此次付巧妹團隊族群古基因研究外，也有不少研究指出南島語民族起源於大陸東南沿海。
許多台灣學者曾提出，根據語言、考古，以及基因檢測結果，提出相關研究推斷認為，「台灣是南島語族的起源地之一」。而且還擴散至海南島地區，越南南部、菲律賓、馬來群島；往東更擴散至南美洲西方的復活節島（Easter Island）；往西遠及東非外海的馬達加斯加島（Madagascar），南抵紐西蘭。「廣大的南島語系發祥地就在台灣」。
事實上，南島語系族群起源仍然沒有一個明確說法，反而有越來越多研究支持「南島語系源自大陸東南沿海」這個觀點。除了此次付巧妹發表的族群古基因研究外，連江縣政府與中研院考古團隊也曾發表類似結論的研究。
連江縣政府與中研院的研究結果顯示，經DNA分析顯示，福建馬祖列島的亮島人是目前發現最早的南島語族人群，距今有8000年歷史。中研院專家表示，亮島人是南島語族祖先，可證明大陸東南沿海一帶應是原南島語族祖居地之一。
因此，要將「族群」用來作為去中化、劃分兩岸的手段，目前看來仍然有問題；追本溯源後可能會發現兩岸的族群有共同祖先，而台獨人士這樣的論述也將不攻自破。
（記者／蔡宗霖）