針對前總統陳水扁在接受日媒「訪問」時指出，面對大陸強力打壓的嚴重危機，台灣應早日舉行公投，明示台灣「不想成為中國的一部分」，陸委會主委陳明通9月5日表示，中華民國（台灣）是現狀，也是現階段最大公約數，是共同底線，也是台灣人民團結的基礎。
陳明通5日出席陸委會主辦的「eye台灣win兩岸」短片徵選競賽頒獎典禮，在會後受訪對於相關問題表示，「謝謝我的老長官－陳前總統的指教」，但是政府的兩岸政策立場非常一貫，也符合兩岸與國際社會的共同利益。
陳明通說，政府始終堅持捍衛國家主權，以及台灣人民選擇權，也和理念相同國家充分合作，反制中共惡意打壓台灣、破壞台海現狀的蠻橫作為，積極維護兩岸和平穩定，保護自由民主為基礎及規範的國際社會秩序。
對於獨派力量步步進逼，北京聯合大學台灣研究院兩岸關係研究所所長朱松嶺指出，陳水扁提出的公投就是「法理台獨」，是踩到大陸畫定的紅線。而有關蔡英文要如何回應陳水扁，朱松嶺表示，在不碰觸兩岸底線之下處理內部整合的問題，是考驗蔡英文的政治智慧。
在年底選舉將至，以及兩岸關係較為緊張之際，陳水扁拋出公投議題，淡江大學國際研究學院院長王高成指出，陳水扁以前主政時就說過台獨做不到就是做不到，這代表他也明白台獨的困難與危險性，陳水扁的說法明顯與之前主政時的立場背道而馳。
王高成分析，陳水扁發出「在野之聲」，他的做法可能是想掌握獨派人士的領導權、發揮影響力，才會提出如此激烈的主張。再來他的主張也不符合現行的《公民投票法》，並且極端具挑釁與危險性。
對於蔡英文總統會如何回應陳水扁的說法，王高成分析表示，蔡英文應不會刻意壓制陳水扁的說法，但就是忽略他，畢竟年底選舉怕流失獨派人士的選票；但是反過來這也會帶給蔡難題，要是獨派的運動成氣候，將帶給蔡兩難局面。（記者／呂佳蓉）