藻礁公投推動聯盟指控三接外推方案的問題，經濟部4日澄清，三接供氣是要填補未來如期除役的核二、協和等北部發電缺口。發電不是變魔術，不是藻礁盟一句不缺電就解決，外推方案帶來的2.5年延後供氣，需要新增IPP機組、既有接收站強化供氣能力，但只能短期調度，仍須三接於2025年中供氣發電，才能完全供氣給大潭電廠發電。並且，三接外推後，港域迴船池不浚挖，21公頃港區不施作，藻礁盟所謂的「21公頃海上平台繼續蓋」的指控偏離事實，呼籲相關對話應本於事實討論。
經濟部表示，最後提出的外推方案，正是讓藻礁保護最大化、供電影響最小化的作法，經濟部昨天也清楚說明各項替代方案為何不可行。希望國人共同考量減碳減空污與生態保護兩種環保價值的權衡，並在確保經濟發展、供電穩定的情況下，支持外推方案，為藻礁公投投下不同意票。
關於藻礁盟質疑三接外推後的卸收安全等，經濟部指出，過去在可行性研究階段評估，在風速12m/s下每年可作業天數是249天，但目前操作前提已不同，因為台中港接收站的經驗證明，LNG船可以在15m/s風速條件進行靠港作業，再經過專業顧問進行操航模擬，三接每年可作業天數高達312天，符合觀塘港的營運需求。此外，外推後的水深與海象與原方案接近，並有外廓堤的遮蔽保護，初步評估可營運天數與原方案相近。
經濟部表示，對於水底生態的調查及影響、以及新的堤防對於最低潮線以上藻礁區域影響評估，因外推後水深、海象與原方案相近，水深10公尺以下，已無生態系，2020年經專家學者判讀，港域水深18公尺已無礁石存在。且三接外推後，工業港距岸邊更遠，水域空間更開闊，對沿岸海流包括觀新、白玉等區域的影響相對更小。
經濟部指出，政府已明確宣示，三接外推後，港域航道浚深及填地的部分將不會施工。藻礁盟指控，政府讓「21公頃海上平台繼續蓋」的說法，完全背離事實。藻礁盟另指責政府承諾卻不做三接遷址評估、或不公開不透明等等，經濟部表示，有關三接外推方案相關資訊，包括工期、經費及供電影響等，均已多次公開向國人報告，也許客觀資訊不符合藻礁盟主觀期待，但並沒有所謂不透明、不公開的情況。
至於藻礁盟質疑，三接遷址或外推，也不致缺電，經濟部再次說明，三接外推方案將造成工程延後兩年半，將造成北部電力缺口，若有大型機組故障，備轉容量率可能會短時間低於10%，短期電力調度確實受影響，並非藻礁盟所說的全無風險。因此，三接仍須在2025年中旬上線供氣商轉，以補足部分機組如核二廠1、2號機、協和電廠燃油機組除役後的北部電力缺口，在工程延後的期間，經濟部、台電、中油及相關單位將全力進行短期電力、天然氣調度，確保在三接完工以前，維持目前供電穩定狀態。
經濟部呼籲，在台灣經濟產業持續發展、用電量不斷升高下，三接外推方案是政府盡最大努力、最大誠意所提出的方案，短期電力調度、應變的措施，也已經是相關措施的最大耐受度，並非長久之計，因北部電力缺口，三接儘早完工仍為必要，敬請國人在兼顧藻礁生態保護、經濟產業發展及國家安全的前提下，共同支持三接外推方案，為藻礁公投投下不同意票。