考量瑪娃颱風將影響琉球，基於飛行安全考量，根據交通部統計，今（31）日截至17：30，國內線取消28架次、延誤1架次，國際暨兩岸航線未受影響。但明、後兩天多家航空公司發出航班取消或延後起飛資訊，華航（2610）取消6月1日、2日CI120／CI121桃園往返琉球航班。
星宇航空（2646）6月1日JX870台北-沖繩、JX871沖繩-台北取消，6月2日台北-沖繩航班將放大機型以A330-900飛航，航班時間調整至16：20自桃園起飛，預計當地時間18：55抵達；返程航班20：10自沖繩起飛，預計20:50抵達桃園機場。
台灣虎航（6757）6月1日IT230／IT231桃園-沖繩那霸往返航班取消，IT230 桃園-沖繩那霸航班延後至6月3日9：00起飛，且航班編號調整為IT2230，IT231沖繩那霸-桃園航班延後至6月3日12：30起飛，且航班編號調整為IT2231。
各航空公司實際的航班起、降情況，將依天氣狀況調整，各航班最新離到時間，仍以機場公佈為準。目前其他航線維持正常營運，但仍將視天候狀況調整航班。