武漢肺炎疫情延燒，台灣也出現第一起入境確診病例，中國外交部發言人耿爽回應，沒有人比中國中央政府更關心台灣同胞的健康，對此，柯文哲表示，既然這樣「那就趕快讓台灣進入WHO就好了啊」，但提及要遵守一中原則，柯文哲認為，那就是你若不聽我的話，你的健康我就不管你了。
柯文哲說，健康還是普世價值，並與人為善，所以用這理由去封鎖WHO這件事，不會讓台灣人高興 ，為什麼推出一大堆惠台措施，因為台灣一直往美國靠過去，一定方法上有問題，那跟你們講又不服氣，那就繼續僵持下去。
至於兩岸防疫的對比，柯文哲認為，雖然台灣民眾常對健保有批評，但是從日治時代到現在，台灣醫療體系在全世界排名在前面，我們自己當醫生非常清楚，所以我們公共防衛體系還是不錯，從上次SARS相對其他國家台灣防治表現是好的，對台灣醫療體系有信心，而中國大陸的問題是這樣，「比較極權國家，會報喜不報憂」就很容易延誤疫情，這是最大的問題。