面對外界質疑春節小三通「做半套」，陸委會主委邱太三26日於立法院備質詢時強調，這次專案的評估考量不是一個是非對錯的考試，面對詭譎多變的疫情風險，必須要做政策與價值的選擇、做有無同理心的考量；這次規畫攸關個人經濟利益與交通便利，但也涉及他人生命健康權益、社會醫療與防疫公共安全，對陸委會是相當艱難的抉擇。
邱太三強調，必須重視金馬民眾的生命健康與民意，接著是行穩才能致遠，春節專案作為未來復航的起點，「如果這次出差錯，恐怕之後就更難恢復」。
談及小三通未開放旅客中轉，邱太三指出，金馬醫療能量有限，中轉將產生港口到機場之間的銜接問題，導致疫情傳播風險增加。政府徵詢與參酌金馬地方首長、民意代表、民眾的建議，暫以金馬鄉親與陸配的返鄉為主，未來專案實施後，將依疫情變化進行滾動檢討。
同場的中央疫情指揮中心指揮官王必勝也認為，中轉涉及許多旅客通過金馬，當地的醫療量能很難處理。他說，中轉旅客若出現發燒或喘的症狀，就必須留在金馬、不能上機，儘管只是個位數，金馬都很難處理這些中重症以上的病人。
他也直言，「不管台商或是金馬民眾都是台灣人，要互相體諒」，在大陸疫情尖峰時刻，「有沒有必要這麼急一定要去開放？這是我們要考量的」。
此外，金馬小三通將在明年1月7日採專案方式復航，是否需加強入境防疫措施，王必勝昨在中央流行疫情指揮中心開會時表示，目前還沒有結論，因為牽涉到當地執行的可能性，需要蒐集資料後再討論。
行政院長蘇貞昌昨召開擴大防疫會議時表示，歲末年終及農曆春節期間之際，國人已陸續安排親友聚餐、國內外旅遊或參與大型活動，指揮中心在疫情爆發後雖已有3次面對農曆春節的防疫經驗，但鑑於中國疫情有爆發趨勢，請指揮中心嚴陣以待。
據金門縣府統計，25、26日受理小三通搭船意願登記人數總共有1036人，其中金門籍鄉親有737人、占71.14％；陸配則有257人、占24.81％；陸生有32人、占3.09％；其他（非縣籍之子女或配偶）10人、占0.96％。(旺報/陳冠宇 、 張薷 、 于家麒)