行政院長由前副總統陳建仁出任，而陳建仁現為中研院基因體研究中心特聘研究員，中研院證實，總統府已於112年1月27日去函，借調陳建仁擔任行政院院長。學界及立委表示，特聘研究員並非榮譽職，與行政院長一樣，都是給薪的正職專任職務，必然不能兼任兩職，但薪水待遇極佳，依陳建仁的分量，月薪最高49萬元，陳建仁不請辭以借調辦理，並不令人意外，只是擔任到閣揆高位還採借調，不願請辭，不免令人感到「好處占盡，就是不願吃虧一下」！
特殊職務設計 聘期由院務會議決定
依照《中研院研究所組織規程》規定，能獲特聘研究員職務的學者，不僅大多具備院士身分，若因得到全球性學術殊榮獲聘，任期則更不受年齡限制，聘期由中研院院長提請院務會議決定。
而特聘研究員之所以引人關注，在於薪資高，且任職沒有年限，對比一般研究員月薪10萬元左右，特聘研究員依照等級高低，每人月薪自13萬到49萬元不等，薪資幅度相當寬，且退休俸與研究員相當，根據政府資料開放平台統計數據顯示，截至去年9月21日止，中研院特聘研究員共有98人。
「特聘研究員是個很特殊的職務設計，總統薪水都沒這麼高！」一名熟稔中研院人事制度的學界人士透露，不過，借調在學界與官場是很常見的事情，諸如過去曾在政府擔任政務官的院士朱敬一、曾志朗與吳茂昆，都是卸任後再回聘為特聘研究員，不過這些學者出任的政務官，都沒有陳建仁擔任到行政院長一職來得高。
至於陳建仁未來回到中研院後，其擔任閣揆期間年資，是否可以併計到中研院，公務人員協會前理事長李來希說明，行政院長與中研院特聘研究員的待遇管理為不同制度，政務官屬《政務人員退職撫卹條例》範圍，中研院特聘研究員則與公務員脫鉤，專屬院內特聘研究員制度，兩者無法併計。
陳培哲︰為人民服務 非達成總統任務
李來希還說，陳建仁在中研院的月薪原本49萬多，但去年公務人員調薪4％，薪水增加到52萬多，如今轉任行政院長月薪則有35萬，加上特支費，看來一點也沒虧到。
陳建仁組閣，但由閣員名單來看，處處有蔡英文總統的影子，中研院院士、台大醫學院教授陳培哲表示，在民主時代，政治人物最重要的責任是為人民服務，並非達成總統的任務，但很明顯地，陳建仁的任務來自總統，不在老百姓身上。
中研院︰已展開借調程序 將留職停薪
對於陳建仁沒有放棄高薪的中研院特聘研究員一職，而以借調的方式出任行政院長，陳培哲說，中研院隸屬總統府，從當中「挑出來的行政院長」，他既然是蔡英文麾下的人，在職務上當然要聽總統的話，「沒有什麼可以拒絕的」，社會公論也當然是可以評論他的。
陳培哲認為，陳建仁有個最主要的問題，即蔡英文已公開交付四大任務，但陳建仁必須了解，服務人民的任務是什麼，因為在民主時代，政治人物最重要的責任是要為人民服務，並不是達成總統的任務。
對於陳建仁的借調案，中研院表示，已展開陳建仁借調程序，依規定，院內研究人員經所屬單位所務會議或中心業務會議通過，並經核准，得借調至政府機關服務，借調期間應辦理留職停薪，並在借調機關支薪，院方將依規定完成借調程序後，函復總統府。