2019-06-20・Array

DNA被看光 秋行軍蟲好日子到頭

大陸自今年1月首次在雲南普洱江城發現秋行軍蟲後，如今蟲災已經席捲半壁江山。為有效遏止與了解蟲害，大陸科學院院士、華大基因學院院長楊煥明的團隊5月中開始一項研究，最後僅花了25日時間，完成全球首次對秋行軍蟲染色體級別的DNA測序與組裝，將有助於大陸了解蟲害的樣本類型、遷飛路線等資訊。
華大生命科學研究院數位化地球研究所副所長劉歡指出，團隊在5月21日13時接到任務後，到聯繫採樣僅花30分鐘，2小時候就確定計畫的實施方案與樣本來源，隔日就立即到廣州採到樣本，同日來自雲南的樣本也送到深圳，當天就開始DNA提取等工作。

共發現12萬種基因家族

劉歡表示，接到任務後第10日就完成物種鑑定與第一版的雌雄兩個基因組組裝；第15日完成組裝補洞，並開始基因組註釋（Genome annotation）；第25日也就是6月15日就在論文預印本線上平台BioRxiv上發表，公布秋行軍蟲2個染色體水平的基因組，確定入侵大陸的秋行軍蟲亞型和可能來源。
整個計畫由楊煥明領導，在雲南農業大學、華大基因、大陸科學院動物研究所、大陸農業科學院等單位合作下，動用所有資源，分析大陸全國與美國的樣本後，完成了1雌1雄2個染色體水平的基因組組裝。
劉歡指出，研究中透過基因組註釋發現超過12萬個基因家族；透過與8個近緣鱗翅目物種進行基因組分析，發現有2個嚴重擴張的基因家族，意味著秋行軍蟲的某些功能較強，這點也許能為秋行軍蟲的雜食性、抗藥性提供研究基礎。
劉歡表示，研究人員透過分析秋行軍蟲的亞型，發現在大陸的族群有玉米型和雜合水稻型2種類型；研究確定秋行軍蟲的入侵來源有來自非洲，但仍不排除其他地區。
楊煥明指出，秋行軍蟲的基因組解讀，對研究牠的亞型、耐藥性和長期防控有重大意義，同時也能了解其遺傳機制、入侵的樣本類型、遷飛路線、基因防禦技術等。

已上傳陸國家基因庫

目前秋行軍蟲的基因組數據已經上傳至大陸國家基因庫，並在大陸核酸序列歸檔系統（CNSA）數據平台建檔，供全球研究者下載與使用。
另一方面，大陸農業科學院深圳農業基因組研究所17日指出，遷飛入大陸境內的秋行軍蟲經研究後，可能來源於美國佛羅里達州的族群。
該所研究員、農業昆蟲基因組學創新團隊首席科學家蕭玉濤指出，此研究是該所聯合大陸農科院植物保護研究所、大陸全國農業技術推廣服務中心共同完成。
研究團隊對大陸13省、131縣市的318份秋行軍蟲樣本進行群體生物型分子鑑定，得出上述結論。蕭玉濤說，透過了解秋行軍蟲的來源，有助於解析其食習性、抗藥性以及遷飛路線。
（記者／賴志昶）