深圳是台商投資最早、對台胞開放最高的大陸城市之一，大陸國台辦發布惠台31條後，深圳是少數未出具進一步新惠台政策的地方政府，因為深圳原有政策已經全部涵蓋，深圳的做法是把原有對台待遇政策作重新整理，匯整成「深圳惠台99條」，其中最大的特色，就是對於台胞的專項財政補助。
「深圳惠台99條」基本涵蓋了台企、台胞在深圳學習、創業、就業、生活等18個方面的各項同等待遇政策措施，深圳市副市長艾學峰表示，深圳方面的惠台具有優惠、普惠、實惠的「三惠」特徵。首先是優惠。體現在不論是與國際比較還是與國內其他城市比較，深圳制定實施的相關政策都具有很大的優惠性；普惠。體現在除部分針對特定區域和特定對象外，深圳的政策對包括台資企業和台胞在內的各類企業主體和個體一視同仁，營造了公平、公正、開放的投資發展環境；實惠。體現在落實惠台31條方面，深圳市已有不少台胞和台資企業享受到了政策支持。
符條件 台企台胞可申報
2018年深圳市級財政專項資金預算規模達257.37億元（人民幣，下同），共有54個專項，涵蓋超過200個的資助方向，只要符合條件的台企和台胞都可以按程序申報；2017年，已有一家台企請領到7千萬元的市級專項補助；部分台灣專業人才已經得到政策支持。
此外，外資跨國公司總部或地區總部對市級財政年度貢獻首次超過1億元，深圳市會按其當年對市級財政貢獻量的30%給予一次性的獎勵，最高獎勵1億元。而台資企業均可提出申請。
深圳的外資製造業企業與大陸企業已享受同等待遇。允許外商、台商在海工設備、軌道交通設備、生物液體燃料、民用衛星設計與製造、消費級無人機、摩托車領域設立獨資生產企業。
不過，相對於台商對深圳財稅、投資、出口的貢獻，對台商是否應該給予特殊優惠？艾學峰認為，深圳有300多萬家企業，單獨優惠台商，社會可能會有不同意見，也容易被斷章取義；他強調，現在要做的是用足、用好現有的政策。
在深圳執業台醫生122名
根據截止2018年7月統計，在深圳外商中，台資僅次於港資，台資企業以出口為主，約占全市出口總額的五分之一。目前在深圳居住的台商、台灣技術管理人員及家屬共5萬多人，在深圳執業的台籍醫生為122名。（記者張國威）