首批武漢台民返台包機名單不盡理想，其中1人返台後確診感染武漢肺炎。行政院長蘇貞昌2月6日表示，整起事件「完全走樣，下不為例」，接下來的包機務必要政府對政府磋商，不容許任何人招搖邀功。
陸委會6日亦強調，若涉及公權力問題，都必須由政府對政府磋商，不允許任何中間人擅自發布訊息，以免誤導民眾，影響政府整體防疫。
針對武漢台商包機爭議，蘇貞昌6日在行政院會表示，這是完全走樣，下不為例；他下令四點指示：第一，接下來有任何包機，必須弱勢優先，或者長期用藥的台灣人民優先回台；第二，檢疫優先，這次的確有確診病例矇混上機，任何台人回到境內一定會提供醫療協助，不過檢疫優先，登機前必須上機檢驗是我方的要求。
蘇貞昌說，第三點，必須提供完整名單供我方確認，不得在關機艙門前，才匆忙提供名單；第四點，包機要政府對政府磋商，至少海基會對海協會，不容許任何中間人居間處理，招搖邀功。
對於蘇貞昌上述發言，陸委會發言人邱垂正表示，蘇院長的很多說法都是強調「防檢疫必須落實」，不能再把確診的人、發燒者或是疑似患者帶上飛機，若在過程中產生感染，會造成台灣防疫破口；有關強化防檢疫的工作，確實是下一波工作的重中之中，我方會在協商的過程中與對岸加強溝通。
邱垂正指出，有關兩岸的規範已經很清楚，只要涉及公權力事項，要由政府對政府協商，政府很感謝熱心台商居間聯繫，但是不應該影響到政府公權力的執行；有關防疫事項包括滯留台人的接訪、交通安排等事項，都必須由政府對政府磋商，或是由政府授權的海基會對海協會來協商，不允許任何人居間處理，或擅自發布訊息，以免誤導民眾、影響政府防疫行動。
（記者／張語庭）