1990年代末期大陸大學開始擴招，但學生增加的同時也帶來了嚴重問題－－缺錢，各大學的經費已經遠遠無法維持其規模。獨立學院在這個背景之下應運而生，官方允許公立大學自己去找投資方私營學院，「名校辦民校」，有效緩解了公立大學的財務問題。問題是，有些獨立學院一開始創設就已經歪樓，最糟的是一些「校中校」渾水摸魚，以母體學校的名義招生，招了又無力培養，產生許多亂象。
獨立學院的設置主要牽涉到3個利益方：地方政府、母體大學和企業投資方。從當時的情況看，儘管利益訴求不同，但獨立學院這種全新的辦學模式是一件三贏的好事：地方政府可以獲得高教資源，同時完成擴招任務；投資方可以將資本滲入教育事業，獲得收益；而母體大學則利用品牌，輕鬆賺取額外的辦學收入。
甚至有些大陸大學如果不辦獨立學院，就幾乎無法存活。如湖北省某大學因建設新校區而負債，2000年創辦名為獨立學院的「校中校」後，每年可回饋資金約1億元人民幣，這才緩解了學校的辦學困難。
2005年起，獨立學院迅速膨脹，招生人數迅速超過100萬人，最顛峰時期曾吸納2成以上的高中畢業生。
不過，許多獨立學院設立初期就不完備，例如無權獨立招生、不能授予學士學位等，卻不管不顧直接招生；最混亂的是「校中校」，根本沒有另找獨立校園、另設獨立人事，就渾水摸魚以母體學校名義招生，繳了高額學費的學生招進來，跟著占用母體學校的教師和教學資源，連帶影響母體學校教學品質。
還有些獨立學院有自己的畢業證書，有的卻直接頒發母體學校的畢業證，也影響母體學校的學歷「含金量」。這些亂象可以說：「成也擴招，敗也擴招」。(記者簡立欣)