大陸海警15日宣稱「為維護中國漁民合法正當權益和生命財產安全」，加強執法巡查，出動4艘船艦在金門南方海域巡邏後，16日上午再度出動4艘航艦編隊航入金門「禁限制水域」內，海巡署立即派遣巡防艇平行監控，並對中國海警船廣播驅離，捍衛我方海疆安全。專家指出，金門事件應該兩岸要好好坐下來談，畢竟兩岸在金廈的合作範圍很大，目前我方採比較低調的控制情勢手段，應是最好的辦法。
海巡署指出，中國海警16日上午8時54分出動14608、2202、2203及14604等4艘航艦，編隊再度航入我方金門「禁限制水域」，海巡署除派立即派遣巡防艇平行監控外，也廣播驅離，中國海警船直至10時6分才離開我海域。
海巡署表示，自14日凌晨東碇海域不幸發生陸籍漁船「閩龍漁61222」號沉沒事件後，仍有2名陸籍船員失蹤待尋。金門海巡本於人道救援及人溺己溺之精神，持續投入大量海上能量積極協助搜救工作。
海巡署表示，鑑於我方水域海上交通過往船隻頻繁，又多屬狹窄水域，中國海警此舉已嚴重影響海上交通秩序及安全，為免肇生海事事故，籲停止類似行為，以確保海上航行安全，並將海上能量投入搜救工作，盡早協力完成搜救。
陸船翻覆釀兩死，導致兩岸關係緊張，近期金門、馬祖海域再有大陸漁民落海，我方皆派員協助救援。 陸軍金防部16日表示，以人道救援需要為優先考量，會與海巡署密切合作，協助大陸相關單位搜救落海漁民；軍方人士認為，此時主動釋出該訊息，除強調我方面對翻船意外積極協助救援外，也顯示金門禁限制水域仍在我方控制下。
國防院中共政軍作戰所副研究員舒孝煌表示，現在正值總統當選人賴清德5月20日就職前的敏感時機，陸方藉由金門事件，恰好找到藉口在我方水域施壓，除了驗證新政府反應如何，也是刺探未來兩岸政策的走向。
舒孝煌認為，我方表明沒有要將情勢升高的態度，也密切掌握情勢，並主要讓海巡對應陸方作為，這就是比較低調的控制情勢手段，但與此同時，我方也要保持強硬，堅持立場及原則。
他也建議，賴清德就職演說時，可以呼籲雙方增加談判空間，讓金廈海域恢復過去的兩岸合作氣氛，這對兩岸人民都有幫助。(旺報/于家麒、王揚傑、李奇叡)