儘管當前兩岸官方溝通常遭陸方「已讀不回」，但兩岸互動多年，已衍生出多層次的聯繫管道與協商方式，作為變通。除了海基、海協會的大兩會外，多個政府部門也都有所謂「小兩會」的半官方運作機制，譬如耳熟能詳的民航小兩會、觀光小兩會，還有經濟部下轄的「外貿協會」，都是政府推動兩岸經貿交流重要平台。
具兩岸民航部門背景的「民航小兩會」（台北市航空運輸商業同業公會、海峽兩岸航空運輸交流委員會），在推動兩岸航班等議題溝通上，扮演重要角色。過往兩岸航班議題，政府一直是授權台北市航空運輸商業同業公會，與對岸的海峽兩岸航空運輸交流委員會進行協商，而馬政府時期，由於兩岸關係和緩，「民航小兩會」的角色，漸漸被兩岸民航部門的定期會議所取代。而如今隨著兩岸關係急轉直下，「民航小兩會」角色又重新受到重視。
譬如最近影響兩岸關係的M503航線一事，在大陸單方面宣布取消該航線向西偏飛後，我方就是透過「民航小兩會」向陸方表達我方關切；在2020年新冠疫情爆發初期，兩岸也是透過「民航小兩會」，安排武漢包機事宜。
此外，兩岸交通和文旅部門則透過「觀光小兩會」磋商旅遊、觀光議題。由我方的「海峽兩岸觀光旅遊協會」（台旅會），與大陸的「海峽兩岸旅遊交流協會」（海旅會）進行具體事務協商，2010年還在台北與北京互設辦事處，便利兩岸旅遊服務。
受到兩岸關係起伏與疫情影響，「觀光小兩會」在編制上，近年一度節縮，但仍然保持一定量能。大陸海旅會台北辦事處主任任佳燕2023年曾表明，希望促進兩岸旅遊重返昔日榮景。對於兩岸開放觀光，交通部長王國材去年在一場觀光界座談會上也表示，希望透過「小兩會」(台旅會、大陸海旅會)機制，期待對等同時開放。
除此之外，在經貿方面，我方有經濟部背景的「外貿協會」，大陸在台設立的兩家經貿辦事機構，即中國機電商會、海貿會台北辦事處，對於兩岸經貿議題或企業交流都各自發揮不少助力。
除此之外，像是兩岸的郵局，有台灣郵政協會與大陸的海峽兩岸郵政交流協會，互為對口單位，迄今達成兩岸開放直接快捷、掛號信件，以及「兩岸e小包」等便民措施。(旺報/陳柏廷)