台灣雖然不是畜牧大國，但禽畜糞問題仍造成困擾，堆肥廠無力消化，民間需要對策，近年來出現一種利用動物來吃禽畜糞便的方式，就是飼養黑水虻，不只可分解動物糞便，黑水虻本身又能當成蛋白質飼料，有愈來愈多農民開始飼養，畜產試驗所也持續做相關試驗，但目前仍停留在民間交流階段。
黑水虻是一種腐食性昆蟲，幼蟲外觀很像蛆蟲，在自然界以廚餘、動物糞便、動植物屍體等腐爛有機物維生，是自然界碎屑食物鏈中非常重要的一環；除了分解功能外，幼蟲也是很好的蛋白質，可做為禽畜類飼料，在國外研究，還是中低度發展國家人民補充動物性蛋白質的可能來源。
飼養黑水虻多年的牧師林信仁指出，黑水虻的食物來源很廣，處理速度又快，只要會腐敗的東西都可作為牠的食物，200公斤數量的幼蟲，每天能處理1噸有機廢棄物，相當可觀；然而，台灣最大障礙是政府法規，雖有技術，但民間業者無法取得合法養殖證照。
林信仁認為，若政府開放以廚餘、禽畜糞便飼養，最能直接投入的是廢棄物處理業，另外就是具有生質廢棄的畜牧業，只要在氣味與廢水處理部分可以做好，就地處理自己所生產的生質廢棄物，將最有效率。
農委會畜牧處長謝耀清表示，目前若以禽畜類動物糞便餵養黑水虻，因糞便中的病菌或重金屬殘留，不能確定黑水虻幼蟲是否能代謝，若做為蛋白質補給飼料餵養，恐怕像禽流感、口蹄疫、狂牛症等有垂直感染之虞，但若跨物種運用，比如做為魚飼料可能較安全，因此官方目前還是持不鼓勵、不推廣態度。
（中時時報／莊曜聰）