立法院會5月31日下午三讀通過《兩岸人民關係條例》增訂第5條之3條文，明定兩岸協商簽署政治協議，應在開啟協議前、完成協議草案後經過國會「雙審議」，最後並舉辦全國性公民投票通過後，才能簽署、換文，由總統公布生效。條文也明定，主權國家地位與自由民主憲政秩序之毀棄或變更，不得作為政治議題談判及協議項目。
三讀通過的條文明定，涉及具憲政或重大政治影響的政治議題之協議，行政院應在協商開始90日前，向立院提出協議締結計畫及憲政或重大政治衝擊影響評估報告，經立院審議通過後，始得開啟協商；為充分落實國會監督精神，負責協議機關提出締結計畫，經全體立法委員3/4出席與出席委員3/4同意，才能開啟簽署協議協商。
條文明定，負責協議的機關，應依締結計畫進行談判協商，適時向立院報告；若立院判斷雙方已無法依締結計畫進行時，得經全體立委1/2以上決議，要求終止協商；行政院判斷雙方談判協商已無法依締結計畫進行時，應終止協商，並向立院報告。
草案須3/4立委同意
等完成談判協商後，應在15日內報請總統核定，核定後15日內行政院應公開協議草案完整內容，函送立院審議，報告協議過程，並再次作成憲政或重大政治衝擊影響評估，立院應舉行聽證。
同時，協議草案經全體立法委員3/4出席，及出席委員3/4同意，再由行政院將協議草案連同公民投票主文、理由書交由中央選舉委員會辦理全國性公民投票，且獲有效同意票超過投票權人總額之半數者，即為協議草案通過，最後經負責協議機關簽署、換文後，呈請總統公布生效。
與監督條例成雙軌制
先前陸委會送抵立院書面報告稱，目前《兩岸人民關係條例》條文中曾提及政治議題協商，但尚未制定嚴謹的監督機制；兩岸政治議題具有憲政及重大政治影響性，不同於經濟性、事務性、功能性的一般協議，法制上對於兩岸政治協議的處理程序，須有更嚴謹的規範，且須尋求更高的社會共識，否則在台灣內部會帶來更多爭議與紛擾。
陸委會稱，未來兩岸洽簽政治議題協議，適用《兩岸人民關係條例》的處理程序，一般性協議則適用《兩岸協議監督條例》的處理程序，雙軌制下兩者相輔相成，沒有重複規範問題。
（記者／潘維庭）