立法院於5月31日三讀通過《兩岸人民關係條例》增訂第5條之3條文，明定兩岸協商簽署政治協議，應經國會「雙審議」，並舉辦全國性公民投票通過後，才能簽署、換文，由總統公布生效。對此，國民黨方面表示，民進黨將《兩岸人民關係條例》，進行不合乎比例原則的修改，已成為實質上的「兩岸斷絕關係條例」；學者也批評總統蔡英文，為了大選大打國安牌、製造兩岸危機。
國民黨指出，有鑑於政治協議的定義過於廣泛且無法明確定義，將造成兩岸簽署任何協議恐比修憲還困難，這會對未來兩岸的經貿文化及各層面的交流互動及產業投資、跨域工作權益等，造成極為嚴重的影響；長遠之計，蔡政府應該趕緊回歸到《兩岸協議監督條例》的修法，而非選前說一套、選後打假球。
國民黨質疑，目前在蔡政府執政下，台灣仍繼續享有ECFA協議的早收清單優惠，若蔡政府執意將兩岸之間的協議視為洪水猛獸，為何仍蕭規曹隨而不趕緊除之而後快？
國民黨批評，蔡政府為了掩飾自身執政不利，積極透過製造兩岸對立，再將之轉換為選舉動力，此類鎖國之舉將加速台灣被邊緣化，也讓兩岸和平互動的機會更加渺茫，請蔡政府回歸正軌，才不會讓台灣走上絕路。
台灣競爭力論壇學會理事長龐建國也表示，民進黨執政，兩岸根本無法對話，兩岸現在處於敵對狀態；蔡政府此時通過此條文，讓兩岸協商簽署政治協議變得困難重重；他批評，民進黨是在製造兩岸對立，目的是為了選舉考量，蔡英文因為施政表現不佳，為了明年大選大打國安牌、主權牌，製造兩岸危機。
政治大學國際事務學院副院長黃奎博表示，此次修改條文的作法跟絕大多數國際談判不同，根據條文規定，行政院要於協商開始前，向立院提出協議締結計畫等，這樣豈不是還沒跟對方談判就先亮底牌？這是很不常見的做法；且行政部門要先跟立法院談，談成後再舉辦公投，公投通過後才能簽署；若協議好不容易通過國會雙審議，也可能過不了公投，這對談判方來說變數太大。
黃奎博表示，兩岸的政治協議包括很多可能的解釋，像先前《海峽兩岸經濟合作架構協議》（ECFA），在簽訂前就有反對人士將之視為政治協議；因此，他呼籲政府，要將何謂「政治協議」先定義清楚。
（記者／潘維庭、張語庭）