世界衛生組織（WHO）每日發布武漢肺炎疫情報告，不但將台灣矮化，列在中國項下，2月5日發布的最新疫情報告又將台灣不當改名為「台北及周圍地區」。對此，外交部長吳釗燮在推特上怒氣沖沖表示：「WHO你有什麼毛病？」（WHO, what’s wrong with you?）
此外，大陸國台辦痛批民進黨「以疫謀獨」，陸委會6日回應表示，大陸切勿將政治因素凌駕在人類健康安全之上，所謂「以疫謀獨」乃推卸責任、轉移焦點上綱之舉，無助改善兩岸關係。陸委會正告對岸，立即排除我參與WHO、分享疫情資訊的政治干擾，兩岸合作對話才能處理問題，我政府也將致力醫療衛生安全、積極爭取國際各方合作。
外交部抗議要求更名
WHO發布的疫情報告不但將台灣列在中國省份區域及城市項下，1月22日疫情報告以「中國，台灣」（Taiwan, China）稱呼台灣，23日更改為「台北直轄市」（Taipei Municipality），25日又改成台北（Taipei），2月5日又將台灣改名為「台北及周圍地區」（Taipei and environs）。
外交部發言人歐江安6日說，WHO昧於事實與荒謬的行徑，多次以錯誤名稱矮化我國，我方表達嚴正抗議並持續要求更改。WHO堅持己見，立場一面倒向中國政府，一系列失當發言還有錯誤行徑，全世界都看到了，因此今年全世界支持台灣參與WHO的力道更勝於以往，支持的聲音更大聲、層級也更高。
陸委會籲勿政治干擾
歐江安反問WHO到底要幫台灣改幾次名字？她強調，我們名字就台灣，正式國名叫中華民國，我們不是台北、不是周遭地區，台灣絕對不是中華人民共和國的一部分，也不要把台灣的資料列在中國項下，誤導很多國家發布了錯誤的禁令，讓台灣航空公司無法入境，一錯再錯的報告，我們表達嚴正抗議。
陸委會指出，疫情當前、防疫優先，人權與人道優於政治考量，兩岸應該在協議的機制下，持續通過對話合作，這才是解決問題的最好方法，兩岸雙邊在協議下的通報合作，不代表台灣就不需要參與WHO。大陸在WHO進行的政治操作，可能造成防疫的破口，增加全球公衛的風險。大陸應該立即排除對台灣參與WHO的政治干擾。